茶树在长期演化过程中形成许多类群，同时又由于茶树是异花授粉植物，使茶树的变异非常之多，这就给属以下种的划分带来困难。
1．茶树植物分类的沿革
自从18世纪瑞典植物学家林奈（Linnaeus）对茶树命名之后，200多年来，茶树植物分类始终是个争论的问题，迄今国内外植物界还未建立一个公认的茶树分类法，许多学者曾提出过许多设想，归纳起来主要有：
1753年，瑞典林奈在《植物种志》第一卷中，将茶树定名为Thea Sinensis L．即茶属茶种。同年8月在该书第二卷中，又把从日本得到的红山茶命名为 Camellia japonica L.即山茶属山茶种。当时因为对茶和山茶植物了解很少，因此在1762年《植物志》的再版中误将茶树分为两个种，花瓣6瓣的为红茶（Thea bonea）；花瓣9瓣的为绿茶（Thea virids）。
1908年，英国植物学家乔治·瓦特（G．Watt）将茶树分为4个变种，包括6个类型，即：尖叶变种（var.viridis）：乔木，叶特大，多产于热带。这个变种又分为6个类型：阿萨姆型（Assam Indigenous），老挝型（Lushai），那伽山型（Naga），马尼坡型（Manipur），缅甸及掸部型（Burma and Shan）和云南型（Yunan）；武夷变种（var.bohea）：灌木，叶小；直叶变种（var.stricta）：灌木，叶较大而厚；毛萼变种（var.lasiocalyx）：介于尖叶变种与其他变种之间。
印度尼西亚植物学家科恩·斯徒脱（C.Stuart）在乔治·瓦特分类的基础上，1919年进行了归并，提出4个变种：武夷变种（var．bohea）；中国大叶变种（var.macrophyaa）；掸形变种（var.shan form）和阿萨姆变种（var.assamica）。
1958年，英国T．艾登（Eden）将茶树分为3个变种：中国变种（var.sinensis）；印度变种（var.assamica）和柬埔寨变种（var. cambodia）。
1958年，英国植物学家R．席勒（Sealy）将茶树分为亲缘关系较近的3个中国种（C．sinensis），并分成2个变种：中国变种（var．sinensis），阿萨姆变种（var.assamica）；大理种（C.taliensis），伊洛瓦底种(C.irrawadiensis)。
1970年，日本《新茶叶全书》将茶树分为：印度大叶种变种（var.assamica）；印度小叶变种（var.burmensis）；中国大叶变种（var.macrophylla）和中国小叶变种（var. bohea）。
1971年，前苏联茶树育种家K．E．巴赫达捷（Бaxтaлзe）将茶树分为两个地理亚种，包括10个变种：中国亚种（ssp.sinensis）：日本变种，中国变种和中国大叶变种。印度亚种（ssp.assamica）：阿萨姆变种，老挝变种，那伽山变种，马尼坡变种，缅甸变种，云南变种和锡兰变种。
1976年，印度托克莱试验站的H．Bezbaruah等将茶树分为2个种1个亚种：中国种（C．sinensis），阿萨姆种（C.assamica）及尖萼亚种（C.assamicassp. lasiocalyx)。
国外植物学家分类的主要根据是茶树的地理分布和植物学形态特征，由于历史条件的限制，缺乏遗传学基础的支持，因此，上述分类法难免带有很大的局限性和片面性，所以一直未能统一。
中国茶学家庄晚芳等认为，茶树分类的范畴是介于种以下，品种（variety）之上。因此，它既不同于一般的植物分类，也不同于茶树品种分类，但两者有密切联系。根据茶树类型间的亲缘关系、利用价值和地理分布，认为所有茶树都是一个种，即茶（Camellia sinensis）。同时，根据种内个体之间的差异程度，在种之下再分为亚种（subspecies）、变种（varietas）与变型（forma）。庄氏分类系统如下：
云南亚种：乔木，分枝稀，叶大，花少，结实率较低，茶多酚与咖啡碱含量高，抗寒性弱。主要分布在我国西南、华南以及印度、缅甸和越南等国的部分茶区。
武夷亚种：灌木或小乔木，分枝较密，叶片以中、小叶为主，少数大叶，花多，结实率高（不孕变种除外），茶多酚与咖啡碱含量低，氨基酸含量较高，抗寒性强。在我国广大茶区及世界主要产茶国都有分布。
我国著名植物学家张宏达对山茶属近200种植物进行了系统的研究。他在1981年所著的《山茶属植物的系统研究》一书中，把山茶属分为4个亚属（subgenus），即原始山茶亚属（subgen.Protocamellia Chang）、山茶亚属（subgen.Camellia）、茶亚属［subgen. Thea（L.）Chang］和后生山茶亚属（subgen.Metacamellia Chang）。茶亚属下又分8个组，茶被列入茶组［sect． Thea（L．）Dyer］。茶组再根据子房有毛或无毛，子房5（4）室或3（2）室，分为五室茶系（ser，Quinquelocularis Chang）、五柱茶系（ser.Pentastylae Chang）、秃房茶系（ser. Gymnogynae Chang）和茶系（ser. Sinensis Chang）。这4个系是按性状的逐步进化而划分的。如野生型茶树多属于前3个系，栽培型茶树多属于茶系。
按照张氏分类法，到1990年止，4个系共有44个种3个变种，其中除2个种扩散到越南及缅甸外，其余主产在我国的西南及华南。
张氏分类法，系际界线较清楚，种间联系较紧密，既符合茶树的进化程序和亲缘关系，又能包含各种变异体，但是，由于他的分类依据主要是表现型的可塑性变化特征，缺乏生物化学、细胞学等的印证，实际上有些种如大苞茶、圆基茶、紫果茶、疏齿茶等典型征状在有性后代中已不稳定。此外，分类过多过细，难免会出现同种异名现象，易给鉴定、分类造成混乱。尽管如此，张氏的分类是迄今茶组植物分类中最系统最全面和最有影响的分类方法。
1992年中国科学院昆明植物研究所闵天禄对山茶属茶组和秃茶组（sect.Glaberrima Chang）的47个种和3个变种进行了分类订正，将张宏达所建立的秃茶组并入茶组，这样茶组植物共有12个种6个变种。
闵天禄的分类法取消了“系”这一单元，合并后的种也比张氏分类法少了许多，更具有实用性。虽然他已认识到“至于萼片和花瓣数目的某些变化以及栽培条件下出现个别花柱深裂的变异，不能作为分类的依据”，但由于他的修订工作也停留在不同形态特性的种间杂种的分离表现上，故仍存在着传统分类法的缺陷，即同物异名现象，像大苞茶、紫果茶、膜叶茶、毛叶茶、防城茶等仍有进一步归并的必要。
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